Giai đoạn từ 1/1/2003 đến nay: Hệ thống BHYT sáp nhập vào quỹ BHXH, tổ chức theo mô hình đơn quỹ, hợp nhất với các quỹ BHXH khác, quản lý tập trung tuyệt đối. Trong thời kỳ hệ thống BHYT đa quỹ (được tổ chức theo quy định tại Nghị định 299/NDBT), các tỉnh, thành phốtrực thuộc trung ương và 4 ngành tổ chức triển khai thực hiện chính sách BHYT tại địa phương và ngành mình theo điều lệ BHYT chung, với hướng dẫn kỹ thuật từ Bộ Y tế và các bộ liên quan thông qua văn phòng cơquan BHYT trung ương tại Hà nội. Mỗi tỉnh chịu trách nhiệm quản lý toàn diện về nhân sự, tổ chức và tài chính của cơquan BHYT.

Các tỉnh, ngành chịu trách nhiệm cân đối quỹ khám chữa bệnh và quỹ quản lý (tại nhiều địa phương, trong những năm đầu, quỹ quản lý được cấp từ nguồn ngân sách Nhà nước). Vềquản lý tài chính, mỗi địa phương và ngành được giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm quản lý quý khám chữa bệnh và quỹ quản lý; văn phòng BHYT trung ương chịu trách nhiệm quản lý quỹ dự phòng, thực hiện điều tiết quỹ khám chữa bệnh và quỹ quản lý theo những quy định được thống nhất với tất cả các địa phương.

Sau khi sáp nhập BHYT Việt Nam vào BHXH Việt Nam, đặc biệt là từ 1/1/2003, tổ chức quản lý quỹ BHYT được đồng nhất với tổ chức quản lý quỹ hưu trí và được tổ chức theo nguyên tắc tập trung, thống nhất trong toàn quốc. Toàn bộ cơchế phân cấp phân quyền trước đó trong hệ thống BHYT được thay thế bởi cơchế quản lý tập trung theo quy định tại Nghị định 100/2002 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơcấu tổ chức của BHXH VN, Quyết định 02/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng ban hành quy chế quản lý tài chính đối với BHXH Vn và thông tư49/2003/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện quy chế quản lý tài chính.