Một trong những vướng mắc lớn nhất cùa quá trình thực hiện chính sách BHYT trong nhiều năm qua là những hạn chế trong khả năng đáp ứng của hệ thống cung ứng dịch vụ đối với nhu cầu chăm sóc sức khỏe cho người tham gia BHYT. Những hạn chế đó dẫn tới sự chưa hài lòng các bên tham gia BHYT và làm suy giảm niềm tin của người tham gia BHYT.
Sau khi Quyết định số 139/2002/QĐ-TTg của Thủ tướng về chế độ khám chữa bệnh miễn phí cho người nghèo được thực hiện, đã có 3,9 triệu người nghèo (tại thời điểm cuối 2004) có BHYT. Tình trạng quá tải không chỉ ở các cơ sở y tế tuyến tỉnh và tuyến trung ương, mà nay còn xuất hiện phổ biến ở các trạm y tế xã.
Tại Đồng Tháp, một số trạm y tế phải khám chữa bệnh cho 50 – 60 lượt bệnh nhân BHYT mỗi ngày. Với biên chế hạn hẹp của trạm y tế xã, tình trạng quá tải đó đã ảnh hưởng đến việc triển khai giám sát các chương trình y tế công cộng khác của trạm.
Hệ thống cung ứng dịch vụ gặp khó khăn trong phục hồi chi phí khi khám chữa bệnh cho bệnh nhân BHYT. Những quy định mới trong thanh toán chi phí khám chữa bệnh BHYT (theo thông tưsố 21/2005/TTLT-BYT-BTC) tiếp tục tạo ra một số bất cập mới trong phục hồi chi phí. Việc áp dụng trần thanh toán bằng 90% quỹ khám chữa bệnh của số người đăng ký khám chữa bệnh tại cơsở y tế đối với chi phí khám chữa bệnh tại cơsở y tế đó và chi phi phát sinh của bệnh nhân tại cơsở y tế tuyến trên dẫn tới tìnhtrạng cơsở y tế bắt buộc phải hạn chế quyền lợi của bệnh nhân và hạn chế chuyển bệnh nhân BHYT đi khám chữa bệnh tại các cơsở y tế khác.
Lãnh đạo một bệnh viện trung ương sau khi thông tư21 có hiệu lực đã yêu cầu các bác sĩ không chỉ định xét nghiệm và kê đơn thuốc cho bệnh nhân ngoại trú vượt quá 100.000 đồng/đơn thuốc, phần kê vượt sẽ bị trừ vào lương. Có nhiều nguyên nhân dẫn tới những hạn chế nói trên, song có thể nêu nguyên nhân chủ yếu sau đây :
Nguồn tài chính y tế hạn hẹp; mức phí BHYT thấp hơn nhiều so với nhu cầu chi phí y tế; Cải cách trong hệ thống cung ứng dịch vụ chưa theo kịp để đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe ngày một cao hơn của người dân. Mạng lưới chăm sóc sức khỏe ban đầu đã làm tốt nhiệm vụ y tế dự phòng, đặc biệt là công tác tiêm chủng, song chưa đáp ứng được nhu cầu chăm sóc sức khỏe với cơ cấu bệnh tật đã thay đổi, với gánh nặng bệnh tật ngày càng lớn ở nhóm các bệnh không lây nhiễm và tại nạn, thương tích. Đa số các bệnh viện công vẫn hoạt động theo cơchế bao cấp, chưa phát huy được hiệu quả sử dụng các nguồn lực.
Nếu không có các giải pháp khắc phục được những nguyên nhân nói trên thì việc mở rộng đối tượng tham gia BHYT sẽ làm tăng thêm nghịch lý người giàu được bao cấp nhiều hơn, vì người giàu có điều kiện tốt hơn để hưởng dịch vụ chăm sóc ở tuyến trên; mặt khác, hệ thống y tế khó phát triển vì phải cung cấp nhiều dịch vụ y tế theo giá thấp hơn chi phí thực tế.